1989年，漢寶德擔任新設國立藝術學院籌劃小組召集人， 並於秋天提出建校計畫，1996年正式被選為台南藝術學院校長。對於南藝，漢寶德是以國際的劍橋和牛津大學的標準來設立，並設置一貫制音樂系，為國內首創。
南藝校園規劃時期，正值政府制度一天天地收緊，對機關首長的授權一天天地減少，但漢寶德仍在有限制的情況下，在他任內，留下了令人深刻的古橋流水景緻，以及兼具古典，現代，中國及本土風格的校園核心建築。更推動教育藝術法，放寬專業技術教師任用辦法，並促成一貫制教育，所謂一貫制就是招收中，小學年齡的天才學生，不經聯招，就可以升學，因為一旦發現天才孩子，應細心培養，不必照一般學校升學考試。
漢寶德於2000年退休，離開南藝。
弱冠篇 ：漢寶德求學的日子。
而立篇：漢寶德留學哈佛回台後，在東海大學建築系開始一系列改革，教導出台灣許多優秀的建築師。
不惑篇：漢寶德與救國團合作，並反思建築與人文之間的關係。
知命篇：漢寶德籌辦國立自然科學博物館，成為全球最受歡迎的博物館之一。
從心所欲篇：漢寶德在宗教博物館推動生命教育，以及退休後推廣美育的心願。